Prezes Kolegium kieruje pracami Kolegium, a w szczególności:
Reprezentuje Kolegium na zewnątrz;
Przedkłada, po przyjęciu przez Zgromadzenie Ogólne Kolegium, Prezesowi Rady Ministrów i Sejmikowi województwa roczną informację o działalności Kolegium w terminie do końca I kwartału roku następującego po roku objętym informacją;
Opracowuje projekt regulaminu organizacyjnego Kolegium;
Zgłasza wniosek o ustalenie liczby członków Kolegium;
Ogłasza konkurs na Członków Kolegium;
Przewodniczy pracom komisji konkursowej;
Przedstawia kandydatów na członków Kolegium wyłonionych w drodze konkursu;
Występuje z wnioskami o powołanie i odwołanie Wiceprezesa Kolegium oraz członka Kolegium;
Czuwa nad jednolitością orzecznictwa oraz sprawnością pracy Kolegium;
Wyznacza przewodniczących składów orzekających.
Prezes Kolegium wykonuje również czynności przewidziane przepisami prawa dla organów administracji publicznej, niezastrzeżone dla składu orzekającego.