W indywidualnych sprawach z zakresu administracji publicznej Kolegium rozpatruje odwołania od decyzji i zażalenia na postanowienia wydawane przez organy samorządu terytorialnego: wójtów, burmistrzów, prezydentów miast i starostów. W tych sprawach Kolegium właściwe jest też do rozpatrywania żądań wznowienia postępowania lub do stwierdzenia nieważności decyzji. Odwołania i zażalenia powinny być wnoszone na piśmie za pośrednictwem organów, które je wydały. Wyjątkiem od tej zasady jest sytuacja gdy Kolegium wydało decyzję jako organ I instancji – wtedy wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy wnosi się bezpośrednio do Kolegium (osobiście lub za pośrednictwem poczty). Taki sam tryb obowiązuje w sprawach aktualizacji opłat za użytkowanie wieczyste, z tym że wniosek o ustalenie, że aktualizacja opłaty jest nieuzasadniona albo jest uzasadniona w innej wysokości do Kolegium składa się w dwóch egzemplarzach.

Wpływające do Kolegium odwołania, zażalenia, skargi i inne pisma są rejestrowane w dzienniku wpływu korespondencji oraz w wydzielonych tematycznie częściach repertorium komputerowego. Rejestrację wpływu spraw, przez nadanie odpowiedniej sygnatury, prowadzi Biuro Kolegium. Po nadaniu sprawie sygnatury akt Prezes Kolegium wyznacza trzyosobowy skład orzekający do załatwienia sprawy, któremu przewodniczy Prezes lub etatowy członek Kolegium.

Rozstrzygnięcia Kolegium zapadają na posiedzeniach niejawnych lub na rozprawach z udziałem stron. Rozstrzygnięcia mają pisemną formę decyzji lub postanowienia, a w sprawach aktualizacji opłat za użytkowanie wieczyste gruntów formę orzeczenia. Rozpatrywanie spraw następuje w kolejności ich wpływu z zachowaniem terminów, z zasady miesięcznych lub dwumiesięcznych, określonych w ustawach z dnia 14 czerwca 1960r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2000r. Nr 98, poz. 1071 z późn. zm.) oraz z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 1997r. Nr 137, poz. 926 z późn. zm.). O każdym przypadku niezałatwienia sprawy w terminie Kolegium zawiadamia strony, podając przyczyny zwłoki i wskazując nowy termin załatwienia sprawy.

Na rozstrzygnięcie Kolegium służy stronom skarga do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego.